Спецслужбы выяснили, где именно находилась бомба, когда произошёл взрыв. По словам источников, устройство, которое, предположительно, на борт самолёта пронес сотрудник аэропорта Шарм-эль-Шейха, внедрённый туда заранее, было установлено под килем самолёта.

На эту мысль сотрудников спецслужб навело загадочное отверстие, обнаруженное под килем А321, возникновение которого техники не могли объяснить обыкновенными причинами. Смывы с краёв отверстия показали, что поблизости от него произошёл взрыв самодельного взрывного устройства.

17 ноября ФСБ признала, что причиной авиакатастрофы российского лайнера на Синае стал теракт. Президент Владимир Путин заявил, что спецслужбы России будут искать виновников взрыва на борту лайнера «Когалымавиа», где бы они ни находились. Он заверил, что организаторы теракта понесут наказание.