Сотрудники СКР при оперативной оперативном сопровождении сотрудников ФСБ расследуют уголовное дело о злоупотреблениях полномочиями (ст. 201 УК РФ), в результате чего с января 2014 по март 2016 года муниципальному предприятию нанесен ущерб в 14 млн рублей. В качестве подозреваемых — руководители предприятия.

Как уж писало «URA.Ru», анализ хозяйственной деятельности муниципального предприятия показал, что со счетов «МОАП» в неизвестном направлении пропало более 1,018 млрд рублей. Эта сумма накопилась с 1997 года из так называемых амортизационных отчислений. Согласно документам, средства, которые должны направляться на поддержание автопарка, скапливались на специальных счетах, но на восстановление автобусов не использовались и, по версии аудиторов, пропадали. Новые автобусы покупались за счет бюджета города. Принято считать, что МОАП является «отмывочным» МУПом, из которого якобы регулярно выводят деньги.