Документ возлагает на них функции по «организации планирования применения сил и средств федеральных органов исполнительной власти и их территориальных органов по борьбе с терроризмом, управления контртеррористическими операциями в территориальном море, исключительно экономической зоне, на континентальном шельфе РФ».

Эти штабы будут планировать также контртеррористические операции в других морских пространствах, в пределах которых Россия осуществляет суверенитет, суверенные права и юрисдикцию, а также на судах, плавающих под государственным флагом РФ.

Документ гласит, что решения Федерального оперативного штаба, принятые в соответствии с его компетенцией, будут обязательны для исполнения всеми госорганами, представители которых входят в состав оперативных штабов морских районов.

Возглавлять штабы в морских районах будут руководители пограничных органов ФСБ в зонах ответственности, установленных председателем Национального антитеррористического комитета (если им не принято иное решение).