Ранее, в конце апреля 2015 года, в отношении Пономарева было возбуждено уголовное дело по подозрению в пособничестве в растрате (часть 5 статьи 33, и часть 4 статьи 160 УК РФ). До того, 7 апреля, Госдума приняла решение о лишении его депутатской неприкосновенности.

Как утверждает следствие, в 2010 году фонд «Сколково» заключил с Пономаревым договор на выполнение научно-исследовательской работы с оплатой в размере 750 тысяч долларов. Далее сумма контракта дополнительным соглашением была снижена до 450 тысяч долларов, однако взамен Пономарев получал право не предоставлять промежуточную отчетность по проекту.

Следствие полагает, что это было сделано «чтобы нельзя было проконтролировать ход исследований» и тем самым создались условия для хищения средств фонда. Для легализации этих сумм были выполнены два отчета, которые, согласно оценкам СКР, «не представляли абсолютно никакой научной ценности и не соответствовали требованиям технического задания».

Еще 300 тысяч долларов, как отмечают в СКР, были присвоены с помощью договора на проведение Пономаревым курса лекций о коммерциализации новых технологий. Следователи утверждают, что о прочтении этих лекций депутат отчитался циклом блиц-выступлений длительностью от 3 до 18 минут каждое, проведенных на мероприятиях, не связанных по смыслу с заявленной тематикой курса.

Пономарев в данный момент находится в США. Еще 25 марта он заявил, что в случае лишения его депутатской неприкосновенности и возникновения угрозы задержания он не станет возвращаться в Россию.