По его словам, здание полностью сохранит музейные функции. Соответствующая договоренность была достигнута с патриархом Московским и всея Руси Кириллом. Дальнейшее содержание собора будет возложено на РПЦ.

Полтавченко также заверил, что доступ в собор, как и прежде, будет обеспечен представителям всех конфессий.

В конце июля 2015 года Петербургская епархия обратилась к городским властям с просьбой передать Исаакиевский собор церкви в безвозмездное пользование. Против идеи выступил глава музейного комплекса Николай Буров, а также ряд деятелей культуры. Депутаты городского заксобрания предложили вынести вопрос о будущем собора на референдум. Однако горизбирком отказался проводить голосование из-за размытой формулировки. В РПЦ тогда назвали незаконным это решение.

Музейный комплекс Исаакиевского собора имеет статус памятника культуры федерального значения. На его территории согласовано проведение более двухсот богослужений в год.