Апанасенко в течение четырех суток оставался в коме, его состояние оценивалось как крайне тяжелое. В 10:30 10 февраля была зафиксирована его смерть.

6 февраля 66-летний контр-адмирал выстрелил себе в голову из наградного пистолета в квартире на улице Академика Анохина. Раненого обнаружили и госпитализировали на следующее утро.

В 2012 году у контр-адмирала диагностировали серьезное заболевание, ему была назначена операция. Дочь Апанасенко Екатерина Локшина на своей странице в Facebook назвала причиной суицида «неоказание адекватного обезболивания со стороны медицинского учреждения». По ее словам, родственникам не удалось достать наркотические обезболивающие для Апанасенко. Локшина пояснила: «Бюрократические проволочки затянулись, и отец принял решение не мучить больше своих близких (так он написал в записке)».

До увольнения в запас Апанасенко возглавлял управление ракетно-артиллерийского вооружения ВМФ. Он был экспертом по баллистическим ракетам подводных лодок. Контр-адмирал неоднократно выступал с критикой текущего состояния оборонной промышленности РФ. После ухода в запас Апанасенко возглавил Содружество ветеранов подводников Гаджиево.