Корабль пристыковался к отсеку «Пирс» в воскресенье, 5 июля, в 10:11 по московскому времени. Операция прошла в автоматическом режиме, сообщили в ЦУП. В целом состав всех грузов аппарата аналогичен тем, которые нес «Прогресс М-27М».

Ракета-носитель «Союз-У» с транспортным грузовым кораблем «Прогресс М-28М» стартовала 3 июля в 07:56 по московскому времени.

Для запуска грузовика специалисты Роскосмоса решили не использовать применявшуюся с 2012 года года короткую схему полетов к МКС (длящуюся шесть часов), а также заменить ракету «Союз-2.1а» на «Союз-У». Это было сделано в целях проверки систем корабля после аварии грузовика «Прогресс М-27М», произошедшей 28 апреля 2015 года.

До МКС также не долетел частный американский грузовик Dragon. Несшая его ракета Falcon 9 взорвалась 28 июня на третьей минуте старта с космодрома на мысе Канаверал.

Старт следующей пилотируемой экспедиции к МКС намечен на 23 июля, он был перенесен с 26 мая из-за аварии грузовика «Прогресс М-27М». В состав 45-го экипажа станции войдут россиянин Олег Кононенко, американец Челл Линдгрен и японец Кимия Юи.