Сад поделят на зоны. Так, зона «А» обозначена как заповедная зона, где расположен «заповедный лес». Отметим, что заповедная зона в саду есть и сейчас. Расположенный на ней лес так описывается в документе:

«Высокопродуктивный сосновый бор, хорошо сохранившийся остаток огромных массивов южной тайги, когда-то окружавших город Екатеринбург… Могучие сосны возрастом около 130-160 лет образуют чистое, без примеси других видов насаждение. Его средняя высота 26-28 метров, диаметр 34 сантиметра». На этой территории запрещается проведение активных мероприятий, а экскурсии будут проводиться в исключительных случаях и по фиксированным тропам.

Экспозиционная зона — это зона «Б». Она объединяет «Сирингарий», «Салицетум», оранжереи. Зона «В» — научно-экспериментальная зона, на территории которой расположены коллекции, экспериментальные участки, питомники, доступ туда будет разрешен только научным сотрудникам Ботанического сада УрО РАН, а также специалистам других научно-исследовательских учреждений. Зона «Г» — административно-хозяйственная часть.

Ботанический сад расположен на улице 8 Марта, 202. Общая площадь закрепленных за ним земельных участков составляет 459 тыс. 798 квадратных метров. По данным на сайте учреждения, коллекционные фонды в экспозициях Ботанического сада насчитывают более 4 тыс. видов и форм.