По словам протодьякона, его перестали приглашать читать лекции, в связи с чем средств для существования стало не хватать. Как заявил Андрей Кураев, епархии боятся звать его, поскольку опасаются гонений со стороны руководства.

В последнее время отдельные церковные деятели критиковали Андрея Кураева за его высказывания в блоге. В частности, протоиерей Всеволод Чаплин призывал протодиакона покаяться за то, что тот связал свое увольнение из Московской духовной академии (МДА) с наличием в РПЦ «голубого лобби».

В конце 2013 года Андрея Кураева уволили из МДА за «эпатажные публикации» и деятельность, которая руководству Академии показалась «скандальной и провокационной». Кураев решил, что причиной увольнения стало его заявление о гомосексуальном скандале в Казанской духовной семинарии, а также его высказывания о группе Pussy Riot, которые расходились с официальной позицией РПЦ.

По словам Андрея Кураева, официально он из МДА не уволен, поскольку по Трудовому кодексу его уволить не за что. Трудовая книжка, сообщил Кураев, до сих пор находится в учебном заведении. Кроме того, он по договору сотрудничает с МГУ, но намерен попросить руководство вуза отпустить его лечиться на два месяца. При этом, по данным Кураева, патриарх Кирилл просил ректора МГУ Виктора Садовничего уволить протодьякона.

Андрей Кураев ведет блог с 2008 года. В своем дневнике и в интервью он не раз высказывал точку зрения, отличную от позиции руководства РПЦ. В частности, приговор участницам Pussy Riot, которых посадили на два года, он называл необоснованно суровым.