По версии следствия, в 2009—2010 годах он был участником запрещенного в РФ преступного сообщества «Имарат Кавказ» и передавал его руководителям информацию обо всех спецоперациях полиции.

Кроме того, установлено, что Исаев лично привез на автовокзал одну из смертниц с закрепленным на ней СВУ. Теракты на станциях московского метро «Лубянка» и «Парк культуры» были совершены 29 марта 2010 года. Погибли 39 человек, более 100 получили ранения.

Полковнику полиции предъявили обвинение по части 3 статьи 210 («Участие в преступном сообществе»), части 3 статьи 209 («Бандитизм»), пункту «б» части 3 статьи 205 УК РФ («Террористический акт»).