Кобяков отметил, что в конце 1980-х годов к числу его должностных обязанностей относилось, в частности, изучение обстановки в Литве, Латвии и Эстонии. Руководству компартии направлялась информация о деятельности «Саюдиса» (Sąjūdis, «Движение») — литовской сепаратистской организации, открыто заявлявшей, что для нее главной целью является «восстановление независимости Литвы».

«В течение 1990-го — в начале 1991 года в Литве органами госбезопасности были выявлены работавшие нелегально сотрудники ЦРУ, британской разведки МИ-6, польских и немецких спецслужб, которые осуществляли руководство „Саюдисом“ и другими националистическими организациями, а по сути — управляли процессом, как принято сейчас говорить, „цветной революции“ в Литве», — указал Кобяков.

В Польше к тому времени у власти уже находилось движение «Солидарность», которое поддерживали спецслужбы стран НАТО во главе с США.

По словам Кобякова, начальником аналитического управления «А» второго Главного управления КГБ генерал-майором Вячеславом Широниным в то время были обнародованы данные о том, что в 1990 году прибывший в Литву американский гражданин Эндрю Эйва (он же Андрюс Эйтавичюс) стал консультантом лидера «Саюдиса» Витаутаса Ландсбергиса.

Эйва имел опыт партизанской и диверсионной работы в Афганистане и был специалистом по боям в городских условиях. Как консультант правительства Литвы (Ландсбергис к тому времени стал председателем Верховного совета Литвы) Эйва выезжал в районы, закрытые для посещения иностранцами.

«Он занимался изучением возможности подготовки повстанческого движения, планировал открыть курсы „рэйнджеров“, обучал боевиков из числа националистов использованию гранат и бутылок с зажигательной смесью против советских бронетранспортеров и танков», — говорит Кобяков.

В апреле 1990 года Эйве был закрыт въезд в СССР, однако в декабре того же года он вновь прибыл в Литву. Вместе с ним в Вильнюс приехала группа агентов ЦРУ, появившихся вскоре в окружении Ландсбергиса, вспоминает ветеран КГБ.

На фоне того, что обстановка в Литовской ССР накалялась (националисты и сепаратисты продолжали захватывать власть), 8-9 января 1991 года в республику были переброшены военнослужащие 76-й гвардейской воздушно-десантной дивизии и других частей. В Москве решался вопрос о введении особого порядка управления республикой.

Как пишет Юрий Кобяков, в эти дни органами госбезопасности был зафиксирован звонок Ландсбергису из здания ЦК КПСС. «<...> неустановленный московский абонент сообщил ему о детальных планах действий советских силовиков и прибывшей в Вильнюс группы „Альфа“, которая должна была вместе с десантниками взять под контроль телецентр и телевизионную башню в литовской столице», — пишет Кобяков.

«После получения этой информации „саюдистами“ и их кураторами из западных спецслужб была организована массовая „акция протеста против захвата телебашни“, а на крышах близлежащих домов были размещены их снайперы. Именно они безжалостно расстреливали толпу своих соотечественников», — добавляет ветеран КГБ.

Среди погибших был и лейтенант «Альфы» (группы «А» седьмого управления КГБ СССР) Виктор Шатских, которого убили выстрелом в спину, причем пуля прошла между пластинами бронежилета сверху вниз, напоминает Кобяков.

В 1970—1980-х годах Юрий Кобяков работал во втором отделе Пятого управления КГБ СССР, занимавшегося проблемами борьбы с национализмом и экстремистскими проявлениями на этой почве. С 1986 года он был начальником данного отдела, а в 1988—1991 годах, оставаясь офицером действующего резерва КГБ, работал в секторе органов госбезопасности Отдела административных органов (с 1989 года — Государственно-правового отдела) ЦК КПСС.