Правоохранители проводили и следственные эксперименты, воспроизведя помещение, в котором были расстреляны император Николай II вместе с его семьёй. Так они смогли опровергнуть доводы некоторых историков и исследователей, которые утверждали, что в небольшой комнате не могли поместиться сразу 11 расстрелянных человек вместе со своими палачами.

Кроме того, были опровергнуты свидетельства того, что большевики после казни императорской семьи уничтожили их тела с помощью серной кислоты и огня — концентрированная кислота замедляет горение биологических покровов, поэтому труп, обработанный ей, горит очень плохо.

Сейчас следователи устанавливают, кто оставил на месте расстрела строки из стихотворения Генриха Гейне, написав их на обоях. Для этого проводится экспертиза архивных документов, написанных участниками казни царской семьи — анализируется почерк Петра Войкова, Янкеля Юровского, Михаила Медведева и других.

Также следствие подтвердило, что останки, найденные в 1979 году, принадлежат именно последнему императору и его семье. Для окончательного утверждения этого Следственный комитет намерен изучить 3D-модель шляпы, в которой Николай II был во время своей поездки в Японию, где на него совершил покушение сотрудник полиции Цуда Сандзо.

Сама шляпа хранится в Эрмитаже. Судебно-медицинская экспертиза изучит повреждения на ней и сопоставит их с ранениями головы, которые получил император во время нападения.