Владимир Евгеньевич трудился в Уральском государственном университете с 1963 года. С 1993 по 2007 год Третьяков, воспитавший не одно поколение студентов и молодых ученых, возглавлял вуз как ректор. В 2007 году был избран первым и единственным президентом УрГУ. С 2011 года занимал пост советника ректора Уральского федерального университета, образованного в результате слияния УрГУ и Уральского государственного технического университета (УПИ).

Как сообщили «Уралинформбюро» в пресс-службе Уральского федерального университета, примером для многих советских и российских вузов стала новаторская деятельность Владимир Третьякова в той части университетского образования, которая входит в круг использования современных информационных образовательных технологий. Он уделял особенное внимание внедрению компьютерных методов преподавания содержательных прикладных задач в точных, естественных, гуманитарных и общественных областях знаний.

За общественную работу Владимир Евгеньевич награжден многочисленными званиями, в числе которых «Почетный работник высшей школы» и «Почетный гражданин Екатеринбурга».

В январе 2008 года в честь Владимира Третьякова была названа малая планета VET (№13479).