На чемпионате мира Фернандес принял участие во всех пяти матчах сборной России. Он запомнился своими подключениями к атакам по правому флангу. В четвертьфинале с Хорватией (2:2, по пен. 3:4) защитник сравнял счет в дополнительное время, головой замкнув навес с углового.

Марио Фернандес перешел в ЦСКА из бразильского «Гремио» в мае 2012 года. С тех пор он провел 201 встречу за российский клуб, забил два мяча и сделал 32 голевые передачи. В составе ЦСКА защитник трижды становился чемпионом России и выиграл Кубок страны.

В июле 2016 года президент РФ Владимир Путин подписал указ о предоставлении Фернандесу российского гражданства. Ранее защитник заявлял, что хотел бы играть за российскую сборную. Он также не исключал, что после окончания карьеры останется жить в России.

В октябре 2014 года Фернандес сыграл за сборную Бразилии в товарищеском матче с Японией (4:0), выйдя на замену после перерыва. Это не помешало ему впоследствии выступать за российскую национальную команду. По правилам ФИФА, футболист считается заигранным за свою сборную только в официальном матче.

В сборной России Фернандес дебютировал в сентябре 2017 года в товарищеском матче с московским «Динамо» (3:0), забив в этой встрече один из голов. Всего он провел за национальную команду 11 игр (включая матч с «Динамо», который не учитывается в официальной статистике ФИФА).